从经济角度看，微生物处理废水的成本较低；从环境污染角度看，没有二次污染，对环境影响不大；从处理效果看，它不仅可以去除有机物、病原体和有害物质，而且可以去除臭味、提高透明度、降低色度等，处理效果良好。
从这三个方面详细阐述了微生物处理废水的优势。
（1）微生物菌在废水处理中的经济消耗包括微生物生长所需的微生物菌种、营养源(碳源、氮源、磷源)和调节废水PH所需的药剂；曝气装置为微生物提供氧气源；污水污泥回流装置、污泥处理装置等。微生物具有良好的吸附沉降能力，降解能力强，不需要高温、高压等苛刻要求，与物理化学方法处理废水设备和长期投加量相比，处理成本相对较低。因此，目前的污水处理方法是通过物理和化学两种方法提高废水的可生化性，然后采用生物法对废水进行联合处理。
（2）环境污染：废水的微生物处理是将废水中的污染物最终转化为二氧化碳、氮、水和污泥。二氧化氮、氮和水无毒无害，污泥也可通过污泥消化消化成有机肥，污泥也可用作建筑材料。这充分说明微生物处理废水不存在二次污染，对环境影响不大。
（3）处理效果：微生物处理废水，将废水中的有机物降解为二氧化碳、氮、水和污泥本身，去除有机物；微生物处理废水，吸附和吞噬废水中的病原体；微生物处理废水，将废水中的有害物质氧化成无毒的位置或吸附在污泥上，去除有害物质，通过吸附、降解和沉淀，提高水质透明度，降低色度。通过筛选合适的微生物菌株，可以降解废水中的大部分污染物。
目前生物化学处理废水的微生物主要是利用活性污泥、活性污泥对不同的污水进行自驯化，以适应污水处理的环境。微生物菌可用于污水处理，可检测废水中的污染物种类，筛选出合适的细菌，并以共生方式处理废水，针对性强，相应的处理效果较好。