目前已发现的可利用碳源的数量繁多，但是在城市污水处理厂实际运行中，究竟选取何种碳源才能做到经济性、实用性和高效性的协调统一，这成为目前的研究焦点。总体上讲外加碳源能够取得良好的脱氮除磷效果，但长期投加无疑会增加处理运行成本和管理难度，也是限制其应用的主要因素。而内碳源的开发利用只能对提高脱氮除磷效率起到一定的积极作用，而不是特别有效。但可以在满足脱氮除磷的同时达到对废物的资源化利用，降低城镇污水处理厂的运行成本，这符合中国节能减排的环保理念。纵观国内外开发碳源的进程，充分利用内碳源和外碳源以降低外碳源使用时增加的污水处理成本是今后的发展方向和研究重点。
因此，在城市污水处理厂的实际运行中，优选碳源时应注意以下几点：
(1)深入了解不同碳源的特性，结合具体的进水水质特点，选择最佳碳源，具体问题具体分析，切忌照搬;
(2)可开发利用的碳源种类很多，但考虑到污水处理厂的运行成本，并注意选择可操控性强的碳源，做到经济性和高效性的统一;
(3)根据不同碳源的不同性质，还可考虑同时利用多种碳源，做到内、外碳源有机结合，以达到最佳脱氮除磷效果;
(4)进一步优化城市污水处理厂的处理工艺和运行参数，提高运行管理水平，最大限度提高整个流程的处理效率。