反硝化所用的人工碳源有甲醇、乙醇、变性乙醇、醋酸及醋酸钠等纯化学药剂， 或者是工业生产过程中的废糖、糖蜜和废醋酸溶液等。其中甲醇的使用最普遍， 且被证明是最合适的碳源。
甲醇的闪点为12 ，是高可燃性物质。甲醇的储存池、管道及其附件和电气系统需要考虑相应防爆措施。甲醇投加系统通常宜安装在室外， 并远离其他设备。甲醇储罐应安装浮动式顶盖和压力释放阀与灭火器。
正式因为甲醇投加系统的安全措施问题，现在很多污水处理厂都改用其他碳源，比如醋酸钠（
乙酸钠）和
新型复合碳源作为代替碳源；这样增加了安全运作的好处；