根据以上，碳源的选择，不是单纯的经济帐，而是与稳定运行实际相紧密结合的。科学的选择碳源，才能有效的降低污水处理厂的运行成本和污水处理厂的稳定运行。
随着污水脱氮要求的提高，新兴起专业生产碳源的企业，他们通过生物工程原理，对一些糖类、农产品废料等进行发酵，生产无毒无害的生物制品，主要组分是小分子有机酸、醇类、糖类。
投加成本是碳源的当量COD价格 投加量的综合算法，需要理论计算加实际运行的投加量确定。
随着水资源的短缺和环境污染的加剧，现有污水处理厂的出水指标更加严格，对出水总氮有了更明确的要求。这就需要污水中有比较充足的碳源，从而通过硝化反硝化去除总氮。传统工艺中去除1个TN需要4个BOD，即去除1mg/L的TN需要4mg/L的BOD，所以传统工艺中在去除总氮的过程中会大量消耗碳源。现在很多污水处理厂面临碳源不足的问题，为了使出水总氮达标，不得不人为投加碳源。
目前，解决碳源不足的问题，主要考虑外加碳源(如甲醇、乙醇、乙酸钠和葡萄糖等)，但是这样会大大增加污水处理厂的处理成本。研究表明，采用甲醇作为碳源的成本相当于水厂运行管理成本的70％之多，或者将富含可生物降解有机物的工业废水投加到城市污水中，然后这样会增加额外的运输费用。