医院污水中复杂的物质就是病菌，实验研究每升水中含有数百万个病原体，有很多医院污水中还有放射性物质，对于医院水经常先进行消毒预处理，主要就是臭氧消毒。
医院污水处理不达标一直是危害环境的重要因素。经过有关部门长期调查研究显现医院污水处理不彻底主要有下列因素。
1、分类废水所使用药剂为了减低成本都是有很强针对性。从而造成各分类废水处理良好，综合水还是处理不达标。
2、为水质清澈和降低成本使用大量石灰。但是却产生大量污泥，往往废水处理成本中30%---40%是处理污泥所产生。
3、来水PH值变化大，反应池PH控制不稳定。PH不稳定造成沉淀池浑浊。出水水质也跟着不稳定，时好时坏。
4、水处理人员责任心不强，操作不够细心，不注重细节。比如：来水有问题，不及时停机进行应急处理。各种仪表、探头不经常校正清洗。配制药品浓度不按大型医院污水处理工艺要求配制，为了省事，私自把浓度提高。
5、表面医院污水二级处理行业的产品进行表面处理前，必须先经过大量的前医院污水一体化处理，这其中使用的除油粉里含有乳化剂，而大量的乳化剂不但影响COD的含量，而且影响沉淀池的矾花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量悬浮物跟随上层清水流出沉淀池，在PH回调的时候重新溶解进水里，结果造成排放口重金属离子超标。
那么对与放射性废水就会用衰减法处理。所以这类型污水要用专门池子统一储存起来，贮存时间为10倍于半衰期，把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理。