我国的制药工业分为化学药品原料药制造、化学药品制剂制造、中药饮片加工、中成药生产、兽用药品制造、生物药品制造和卫生材料及医药用品制造7个子行业。在这些子行业中，污染负荷量zui大的是化学药品原料药生产，约占全行业的80%。
中国化学制药工业协会环保工程师张道新表示，化学原料药生产一般都是投入产出比大，产品产出率低，污染物产生量较大；产生的污染物的种类、特性与数量，与生产品种所需原辅料、工艺过程、工艺条件、产出物及管理水平的直接相关。其特点是，污染物种类多、单类数量少（经济利用度不高）、具有生物毒性、浓度高、排放基本无规律、不连续不均衡、难进行生化处理。“高浓度废水治理一直是困扰化学原料药生产发展的难题。”
据了解，化学原料药的废水来源包括车间工艺用水、设备管线清场清洗废水、药物提取或精制工序固液分离产生的废水、车间员工清洁用水及厂区生活废水等。同时，废水来源还包括锅炉排污水、外排的冷却水等。在企业的废水中，废水中则溶入了生产过程中使用的全部物料成分，其中包括药物中间体、未知物和目标物（残留的产品）；还包括废水在混合有氧与缺氧条件下的新产物。
在国家水专项调研中，制药企业的达标状况堪忧：能够达到制药行业水污染物排放新标准限值的制药企业数量相当少，化学合成类、发酵类、制剂类制药废水达标率分别为9%、12%和30%。
另据调查，目前国内大部分城镇污水处理厂对制药工业废水的纳水要求为COD≤300mg/L，即使这样，仍有部分化学合成类、发酵类制药企业达不到要求，化学合成类比例高达46%，发酵类为16%。
化学原料药生产废水处理难度大的另一个原因，就是企业根据市场需求经常调整产品与产量，新生产状况产生的污染负荷与原处理设施的生物系统、运行参数发生冲突，往往会造成一段时间的不达标的问题。
以化学原料药废水污染治理为例介绍说，“不同产品、不同工艺、不同生产装备、不同管理水平产污量大不相同，不同的企业不能用类同的治理技术与工艺治理。”