污水处理技术单一
就现目前而言，随着社会的发展，很多城市都在逐渐将生态系统与污水处理技术相关要求进行有机结合，选择比较合适的污水处理技术。从整体上来说，现阶段我国对环境工程中的污水处理已经有了很大的进步，但是仍然免不了会存在一些问题。人们需要依据环境工程的实际需求，科学利用高负荷的生物薄膜以及一体化的氧化沟技术，对城市中的污水进行有效处理，不仅提高了污水处理的效果，还在一定程度上将相关处理技术的作用充分发挥出来。
缺少统一规划
在进行污水处理的过程中，规划设计相对统一的施工方案是很有必要的。如果设计的方案不够合理，那么将会导致很多其他问题的产生，通常情况而言，仅仅只采取单一的技术来进行污水处理，效果将会很难得到保证。这就需要根据城市的规模和用水标准，制定出科学的污水处理计划方案，同时，对于设计方案的更新也很重要，为了让污水处理的效果得到更好的保障，相关的施工人员需要关注污水水质的变化情况，及时进行处理技术的更新。
机制不完善
有一些城市在刚开始建设污水排放管的时候，对于雨水与污水进行分流的情况没有考虑清楚，在城市中人流量密集的区域，污水排放管的压力急剧增加，尤其是在雨季，需要进行处理的污水量超乎人们想象。除此之外，城市中的污水管网需要尽可能满足区域排水的相关要求，但是整体上对污水进行收集的效率就不高，同时，还有一些污水处理厂建设的时间比较长，没有对设备与系统进行合理的更新和升级，已经很难适应现代化的污水处理需求。
缺少专业性人才
在对环境工程中的污水进行合理处理的过程中，需要有大量的技术和人才进行支撑，但是就目前而言，专业性较高的污水处理人才比较缺乏，而且技术相对落后。这就需要有效提高污水处理相关人员的专业素质，根据不同的城市要求制定出合适的处理方案，这样在进行污水处理中遇到问题时，专业人员就能及时给出可行的建议。现在很多小城镇中，进行污水处理使用的方案与技术都还是传统性质的，再加上工作人员没有足够的专业能力，管理观念也比较陈旧，导致污水处理的效果得不到提高。因此，需要相应的企业组织员工进行合理的培训，引进一些先进的技术，知人善用，这样能够在很大程度上提高污水处理的质量和效率。