化肥厂废水中的主要超标污染物指标为氨氮、硫化物、和总氰化物，水质具有氨氮含量高并含有有毒的总氰化物及硫化物的特点;且此类废水的可生化性较差(主要是化学需氧量较低和氨氮含量较高)。在化肥厂废水的控制技术中，常用的方法有吹脱法、生物法、折点加氯法、吸附法和离子交换法等。各种废水处理的方法各有利弊。工程设计方需根据实际情况选择合适的工艺对化肥厂废水进行设计、处理。废水先经过生化处理后通过超滤系统对其进行过滤处理，最后通过RO系统处理，进一步降低COD、氨氮，以达到企业的预期目标。
在废水处理过程，建议用PAC聚合氯化铝+PAM聚丙烯酰胺的组合，污泥脱水段一般建议用阳离子聚丙烯酰胺，推荐用中等电荷阳离子聚丙烯酰胺