1、细菌：
主要包括真细菌(eubacteria)和古细菌(archaebacteria)；是废水生物处理工程中最主要的微生物；
古细菌
根据需氧情况不同：好氧细菌、兼性细菌和厌氧细菌；
根据能源碳源利用情况的不同：光合细菌——光能自养菌、光能异养菌；非光合细菌——化能自养菌、化能异养菌；
根据生长温度的不同：低温菌（10ºC~15ºC)、中温菌(15ºC~45ºC)和高温菌(>45ºC)。
2、真菌：
真菌的三个主要特点：
①能在低温和低pH值的条件生长；
②在生长过程中对氮的要求较低（是一般细菌的1/2）；
③能降解纤维素。
真菌在废水处理中的应用：
①处理某些特殊工业废水；
②固体废弃物的堆肥处理
3、原生动物、后生动物：
原生动物主要以细菌为食；其种属和数量随处理出水的水质而变化，可作为指示生物。
后生动物以原生动物为食；也可作为指示生物。