生化脱氮在污水处理中应用得十分普遍，但并不是每个效果都很好的，据调查发现，目前，污水处理厂的生化系统普通脱氮效果都比较差，并没有达到原来设想的经济性。这是为什么呢？
引起生化系统脱氮效果差的因素
碳氮比：目前大部分水厂的碳氮比严重失衡，存在氮含量很高，而碳含量很低，不能达到C/N为3-5。因此，靠其自身是很难达到脱氮的效果的，只能通过添加外来碳源来平衡碳氮比，以达到脱氮的效果。但是外加碳源就会额外增加吨水处理成本，因此，选择合适、高效，同时能降低成本的碳源成为关键。
污泥活性差：目前生化系统脱氮效果差还有一个主要原因是脱氮微生物脆弱，不耐冲击，硝化和反硝化菌群单一，数量少，脱氮微生物难以进行正常的繁殖，影响脱氮效果。
生化系统管理能力不足，生化处理系统的处理能力还与它们的生长环境（pH值、水温、溶解氧、污泥泥龄等有很大关系，因此，管理人员对生化系统调试、维护要具有一定的专业性。
生化系统缺乏反硝化工艺，可以说反硝化脱氮是目前能够生化系统能完全脱氮的一个不可少的条件。
外界温度变化的影响。如冬季温度很低，低于硝化反应所需最适温度（5-35℃）和反硝化反应所需最适温度（15-30℃）的范围内，使得反应速率降低或停止。