采用AAO工艺进行污水处理时，需提前做好污水处理厂运行方案，进行污水成本含量的收集，编写好操作视频的规范流程，针对现场运作人员的状况进行相关操作培训，制定设备仪表盘的控制，水处理厂调试方案设计中根据设备操作及工艺培训的情况，进行污水处理。
AAO工艺运行调试时，要按照设备的要求，检查格栅的碱度、配电等是否符合国家的相关规定，开启格栅除污器进行格栅的运行。水泵机组成中螺栓连接要完好，检查水泵运行的情况盒配电功能。检查砂水分离器安装的尺寸，确认配电设备是否有问题，检查风机的运转情况，检查各项装置的运转和安装情况，确定现场设备调试到最优程度。
污水处理厂采用AAO工艺，依据厌氧、缺氧、好氧的条件进行各项微生物的配合，注意去除有机物。另外需特别注意几项影响因素，需控制好温度、pH值、溶解氧、C/N比、污泥龄、硝酸盐等因素。
AAO运行时，温度可以增加细菌的增殖速度及活性，具体可以根据好氧、缺氧、厌氧的阶段进行温度处理。好氧阶段硝化反应温度范围一般在5～35度之间，根据温度升高可以加快反应速率，选择硝化反应活跃的适宜温度区间。缺氧阶段反硝化反应在5～27摄氏度，同时跟温度呈现线性相关关系。
污水处理厂水质pH值在厌氧阶段要注意生物除磷系统pH的范围，控制合适的pH值，如果出现pH值不合适的情况，需要提前进行调整，避免污泥出现中毒的情况，减少硝酸硝化细菌的pH值反应。
最后AAO污水处理过程中要注意厌氧和硝酸盐的作用，实现硝酸盐还原酶的合成。注意硝化细菌的繁殖特点，注意增长速率，在设置中注意降解细菌的分解情况，同时关注系统的情况。