1、补充碳源
生物脱氮除磷过程中消耗的有机物来源可分为系统碳源和外加碳源，系统碳源常难以实现较高的脱氮除磷要求，需投外加碳源来提高系统的脱氮除磷效率。
补充外碳源是在不改变原有工艺池体结构及各功能区顺序的情况下，针对短期内因水质波动引起碳源不足而提出的应急措施。
必须要说明的是，任何外碳源的投加都要使系统经历一定的适应期，方可达到预期的效果。碳源的投加位置可以是缺氧反应池，也可以是厌氧反应池。
2、取消初沉池
初沉池会去除20%左右的有机物，取消初沉池或缩短初沉时间，大量颗粒有机物直接进入生物池，增加进入生物池的有机物总量，能部分缓解碳源不足的问题。
由于省去了初沉池，运行成本也相应的有所降低，对于城市污水处理厂来说，碳源以这种方法获取既比较容易，又能省下污水厂额外的运行费用。
3、倒置AAO工艺
倒置AAO工艺是将传统的AAO的厌氧池定位在缺氧池之后，优先为反硝化提供碳源，强化了脱氮能力，回流污泥历经完整的厌氧“释磷”到好氧“吸磷”的过程，排放的污泥含磷量大，具有“群体”效应和“饥饿”效应的双重优势。
然而，外回流增加了二沉池的固体负荷，对出水和二沉池底流浓度有一定影响。一般在工程中应用时，为兼顾脱氮除磷所需的碳源，会采用多点进水方式，但对于C/N过低、碳源严重不足的污水，仍需要添加辅助碳源来缓解压力。
4、分段进水
在传统的阶段曝气活性污泥法中采用了分段进水，旨在平衡曝气池内的有机物负荷及需氧、减少出流的MLSS 浓度、降低二沉池的固体负荷，目前已将分段进水方式应用于脱氮除磷工艺。
分段进水应用于脱氮的特点有：可以提高反硝化速率;在生物池内可维持较高的MLSS浓度，因而反应时间较短，可减小反应器体积;硝化反硝化在反应池中顺序发生，因而可以取消混合液循环降低能耗。
虽然该工艺对脱氮有利，但因为反应池中存在较多的硝酸盐而影响除磷。