微生物在污水处理厂生化系统调试、后期稳定运行和工艺调整过程中，起着很重要的指示作用，通过镜检活性污泥中的微生物状况，可以获得该活性污泥的相关性状信息，对生产起到一定的指导作用。
1活性污泥镜检样品采集
样品采集对镜检结果影响比较明显，采样不当，得出的镜检结果会误导我们对活性污泥进行参数的调控。为避免这类情况的发生，遵循规范的采样方法、明晰采样点显得更为重要。
样品采集位置
采集的活性污泥样本位置和监测活性污泥沉降比一样都是来自曝气池末端的混合液，此位置的活性污泥混合液不论从活性污泥的稳定性、絮凝性、种群数量还是原生动物代表性来讲都是佳的。
（1）稳定性方面
在曝气末端，活性污泥处于减速增长期，活性污泥活性降低，稳定性就变得更加可靠了。
（2）絮凝性方面
因为活性污泥处于减速增长期，表现的活性污泥沉降性就更明显，自然絮凝性就更佳。
（3）微生物种群方面
这里指的还是原后生动物种群，微生物的主体细菌种群不在讨论之列。
活性污泥中原后生动物种群在曝气池前端是非活性污泥类原生动物占优势，在曝气池中段是中间性活性污泥原生动物占优势，而曝气池末端占优势的原生动物种类决定了活性污泥生物相所处的功能性状。在此位置采集的活性污泥混合液进行生物相显微镜观察，其结果更具代表性。
检测液采集的方法
当我们在曝气池末端采集到待测的混合液后，需要选取一滴到载玻片上，以备检测。就这一过程需要注意以下几点：
（1）所取活性污泥混合液在检测前，要不停的缓慢摇动来避免发生絮凝沉淀。活性污泥发生絮凝沉淀后，如再次被搅匀，其随后发生的絮凝效果将会略有减弱，上清液的细小絮体悬浮物将会增多，对观察会造成一1定的误导（如观察到的活性污泥结构松散、细小、不密实、颜色偏淡等）。
（2）通常采集活性污泥样本到载玻片上所用的工具是胶头滴管。胶头滴管伸入到被采集的活性污泥混合液前需要进行充分搅拌，使活性污泥悬浮于混合液中，同时胶头滴管伸入到混合液中的深度也要控制好，一般到混合液的中部为宜。采集后，再将活性污泥混合液移动到载玻片前，可以将胶头滴管内的混合液挤掉几滴，然后将一滴活性污泥混合液置于载玻片上。
载玻片上所取的一滴混合液，在实际使用过程中是过量的，在盖上盖玻片时会有部分溢出而需要擦拭掉，否则，盖玻片容易在载玻片上移动，同时被采集的这一滴获悉功能的污泥混合液也会在高差、温度等作用下发生内部流动或移动。为此擦拭掉这多余部分的活性污泥混合液是有必要的，我们可以按照1/4的活性污泥混合液比例来确定被擦拭掉的这一滴活性污泥混合液，也就是说在被擦拭掉后的待检测样品中，其实际采样量为3/4滴活性污泥混合液。
污水处理厂正常运行状况下，活性污泥的絮粒大、边缘清淅、结构紧密，呈封闭状态、具有良好的吸附和沉降性能。絮粒以菌胶团细菌为骨架，穿插生长一些丝状菌，但丝状菌数量远少于菌胶团细菌，微型动物以固着类纤毛虫为主，如钟虫、盖纤虫、累枝虫等，还可见到楯纤虫在絮粒上爬动，偶尔还可看到少量的游动纤毛虫等，轮虫生长活跃。
污水处理厂运行出现异常情况时，污泥出现絮体结构松散，絮粒变小，观察到大量的游动型纤毛虫类（豆形虫属、肾形虫属、草履虫属、波多虫属、滴虫属等）生物、肉足类生物（变形虫属和简便虫属等）急剧增加的生物相，出现这种生物相时，污泥沉降性差，影响泥水分离。
要了解污水处理过程的变化或处理水的好坏，好直接研究分析细菌的生长情况。但是对于细菌的观察、分类鉴定的时间很长，不能及时起到指导生产的指示和预报作用。微生物与细菌之间存在相互依存的功能关系；微生物个体大，便于观察；对于环境变化比细菌敏感，更早也更容易反映环境的变化。直接观察微生物的种类组成、数量、生长和变化状况，也能反映出细菌的生长和变化情况，即间接地评价污水处理过程和处理效果的好坏，起指导生产的作用。