1. 脱氮效果比较
常规A2O工艺由于好氧池出水回流到缺氧池，因此在好氧池中生成的硝态氮被反硝化去除。除氨氮和总氮效果非常好。但由于反硝化反应需要在有足够碳源的条件下完成，污水在经历过前端厌氧过程后，有机物已不同程度的被降解，若原污水有机物含量低，反硝化将受到一定影响。
倒置A2O工艺，有无内回流对氮的去除效果影响比较大，虽然此工艺缺氧段碳源已经不是制约因素，无内回流的工艺脱氨氮比较好，但脱总氮的效果不好，因为在好氧池形成的硝态氮没有被完全反硝化脱除。具有内回流的工艺脱氨氮和总氮效果很好，是比较理想化的脱氮工艺。
2. 除磷效果比较
常规A2O工艺除磷不好，因为厌氧环境受各方面的影响，首先原污水进入厌氧池，其中含有一定量O2，其次，从二沉池回流的污泥中含有硝态氮。这两个制约因素使厌氧环境并不处于严格的厌氧状态，使其首先进行一段缺氧过程，导致厌氧时间不够，影响PAOs释磷，进而影响好氧阶段磷的摄取，影响除磷效果。
倒置A2O工艺由于将厌氧好氧位置交换，回流的硝态氮被完全反硝化去除，厌氧环境不受其他因素的影响，所以此工艺除磷效果比较好。但由于PAOs厌氧释磷需要碳源，前段缺氧反硝化亦需碳源，所以若原水有机物含量低，污水到达厌氧阶段时，有机物含量已经很低，可能会影响工艺的除磷效果。
3. 池容的比较
为使工艺效果达到以佳，规定所有工艺外回流比R＝1和内回流比r＝4。厌氧释磷要达到以好的效果，PAOs必须在厌氧环境呆够1小时。微生物在池中的停留时间跟水力停留时间有关，而污染物在水中的停留时间不与回流比、流态和池形等因素有关，对于一个特定的工艺是一定值。 4、工艺优化 （1）对于常规A2O工艺，其缺点在于厌氧时间不够，因此可以适当增大厌氧区的体积，或在回流污泥回流到厌氧池之前增设预缺氧池。 （2）可以采用分点进水的方式来对常规A2O改进。一部分直接进厌氧池，剩余部分以分点方式进入缺氧池和好氧池，因为在缺氧和好氧池分点进水，形成局部的缺氧好氧环境，硝化和反硝化交替进行。氮被脱除完全，回流污泥中含硝态氮很少，不对厌氧阶段的释磷产生影响。而且厌氧释磷和后续缺氧反硝化都有足够的碳源支持。 （3）对于已有的氧化沟工艺，要想增强其的除磷能力，可以考虑改成倒置A2/O。 （4）对于NH3-N含量不高或对总氮脱除率要求不高的，无内回流的倒置A2/O工艺以适合。
