常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源、污泥水解上清液、啤酒废水及垃圾渗滤液等。
在理论上，各类碳源都能保证出水总氮达到排放标准，但要考虑多个因素：
1.碳源投加的成本投加成本是碳源的当量COD价格+投加量的综合算法，需要理论计算加实际运行的投加量确定；
2.碳源产泥率投加碳源，必定会增加污泥的产量，而污泥处理成本很高，这个是选择碳源必须考虑到的重要一项。
3.保证污水运行的稳定性投加碳源目的是为了脱氮，因此在选择碳源的时候，要兼顾污水处理厂的运行稳定，如尽可能的避免污泥膨胀、出水COD升高、亚硝基氮累积等。
碳源的选择，不是单纯的经济帐，而是与稳定运行实际相紧密结合的。科学的选择碳源，才能有效的降低污水处理厂的运行成本和污水处理厂的稳定运行。
为了解决缺氧反硝化阶段对碳源的需求问题，一方面可以通过增加反消化缺氧区的体积，延长反消化时间来增加脱氮效果，但这种方法需要扩建污水处理厂，基建费用高，可操作性不强;
另一方面，可以通过向缺氧区投加外碳源，以补充碳源的方式提高反消化速率，实践证明，投加碳源是污水处理厂解决这类问题的重要手段。