(1)碳源
反硝化细菌所能利用的碳源是多种多样的，但从废水生物处理生物脱氮角度分为三类，废水中所含的有机碳源、外加碳源、内碳源。废水中各种有机基质都可以作为反硝化过程中的电子供体，当废水中有足够的有机物质，就不必另外投加碳源。一般实际工程中应控制BOD5／TN大于4：1。当废水中碳氮比过低，即BoD5／TN小于3：1时，需要另外投加碳源才能达到理想的去碳效果。
(2)溶解氧氧的存在会抑制硝酸盐的还原，其原因主要为：
一方面阻抑硝酸盐还原ø的形成，另一方面可作为电子受体，从而竞争性地阻碍了硝酸盐的还原。所以对于生物反硝化系统都必须设立一个不充氧的缺氧池或缺氧区段，以便使硝酸盐通过反硝化途径转化成气态氮。对于曝气生物滤池反应器属于生物膜法反硝化，由于生物膜层从内到外依次存在厌氧层、缺氧层、好氧层和水膜层，虽然生物膜外层有一定的溶解氧存在，氧在向膜内层转移过程中不断被膜微生物所消耗，其内层呈缺氧状态，即使反应器中存在一定浓度(>O．5mg／L)的溶解氧，反硝化作用仍然能进行，当然其所允许的溶解氧值与生物膜的厚度等参数有关。正由于生物膜这一特殊结构，使得好氧反应器在硝化的同时能进行部分反硝化作用。
(3)温度
反硝化细菌对温度变化虽不如硝化细菌那样敏感，但反硝化效果也会随温度变化而变化。温度越高，反硝化速率也越高，在30～35℃时，反硝化速率增至大。当温度15℃时，反硝化速率将明显降低，至5℃时，反硝化作用将趋于停止。因此，在冬季要保证脱氮效果，就必须提高生物膜量，适当减少滤池反冲洗次数及降低负荷(水力负荷)等措施来补救。
(4)pH值和碱度
反硝化细菌对pH值变化不如硝化细菌敏感，在pH值为6～9的范Χ内，均能进行正常的生理代谢，但生物反硝化的佳pH值范Χ为6．5～8．O。当pH值>7．3时，反硝化的终产物为N2，当pH值<7．3时，反硝化的终产物为N2 O。
pH值控制的关键在于生物硝化，只要pH值变化不影响硝化的顺利进行，则肯定不会影响反硝化；反之，当pH值变化对硝化产生较大影响，使之不能顺利进行时，不管pH值对反硝化是否影响，脱氮效果都不会理想。在生物反硝化过程少将ÿ克NOf—N转化为N2，约可产生3．57g碱度，这样可补偿生物硝化所消耗的碱度的一半左右。由此，很多本应外加碱源才能顺利进行硝化的污水，可以不再需要加碱。