厌氧或缺氧条件，当污水中的可降解有机物不足时，则需要额外投加营养物。CH3COOH+8NO3-→6H2O+10CO2+4N2+8OH-+能从式子中可以看出，所谓碳源并不是给反硝化提供碳，而是作为还原剂提供电子。
目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、复合碳源、污泥水解上清液及垃圾渗滤液等。
甲醇：甲醇作为碳源是很多项目上都在使用的一种方式。以甲醇为碳源，反硝化反应为 6NO3-+ 5CH3OH → 3N2+ 5CO2 + 7H2O + 6OH- ，根据此反应去除1mg NO3-N 需要1.9mg CH3OH。以甲醇作为碳源比以葡萄糖作为碳源反硝化速率快很多。甲醇在保存和使用上都需要多注意，甲醇对人体有低毒，因为甲醇在人体新陈代谢中会氧化成比甲醇毒性更强的甲醛和甲酸（蚁酸）。
葡萄糖：若一葡萄糖作为碳源9C6H12O6)，C6H12O6：NO3 -N 大约为7左右，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，增加出水中COD的值，影响出水水质。建议用葡萄糖，用葡萄糖效果还是不错的，面粉效果比葡萄糖差。
面粉：这里说的面粉为小麦精致面粉，成分上也是非常高的。当缺氧或者厌氧池子中的污泥浓度较低时，通过以小麦面粉补充碳源对活性污泥的形成是有着很大的帮助的。同时，面粉也较容易买到。如设备的容积比较小，可以考虑以面粉作为碳源。
乙酸钠：若以乙酸钠（CH3COONa)作为碳源，是小分子有机酸的原因， 反硝化菌易于利用，脱氮效果是较好的。一般冬天时投加碳源，都是建议可以选择乙酸钠作为碳源投加，易溶于水，易被微生物所利用，所产生的污泥量相比于其他碳源时略高。
复合型碳源：可以在生化段来水碳源不足的环境下有效补充碳源、为厌氧系统启动或运行提供高效的微生物碳源;可在工业污水处理生化段启动及运行、生化系统负荷下降、提高生化微生物代谢环境B/C比、提升生化系统抗冲击能力和毒性冲击能力等情况下提供高效碳源。