投加碳源目的是为了脱氮，但考虑脱氮效果的同时，也要兼顾污水处理厂的运行稳定，避免处理费用增加。
1、污泥产量
首先，投加碳源必会增加污泥的产量，而污泥处理成本很高。
常用的碳源中乙酸、乙酸钠价格较贵，产泥率高，对污水厂的污泥处置会带来了一定的压力。
以葡萄糖为代表的糖类物质作为外加碳源使得脱氮效果良好，可是，糖类作为多分子化合物，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀。
2、出水COD值、亚硝基氮累积
其次，部分碳源的投加也会影响出水COD值和亚硝基氮累积。
以糖类作为碳源，会增加出水中COD的值，影响出水水质。同时，与醇类碳源相比，更容易产生亚硝态氮积累的现象。
甲醇作为外碳源虽然具有运行费用低、污泥产量小的优势，但在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。
并且如果投加量控制不好，或者系统来水变化波动太大，容易造成生化系统中毒，好氧区域丝状菌膨胀。