因为微生物具有很好的吸附性和沉降性，很强的降解能力，不需要高温、高压等苛刻的要求，相比物理化学方法处理废水的设备和长期投加的药剂比较，处理费相对较低。
微生物菌种处理废水的优势主要是以下三个方面：
（1）微生物菌种处理废水经济消耗包括微生物菌种、微生物菌种生长所需的营养源(碳源、氮源、磷源)和调节废水PH所需的药剂；
（2）为微生物提供氧气来源的曝气装置；污水污泥回流装置，污泥处置装置等。 对于环境污染来说，微生物处理废水是将废水中的污染物最终转化成二氧化碳、氮气、水和污泥。二氧化氮、氮气和水都是无毒无害的，污泥也能够通过污泥消解转化为有机肥料，污泥也可以制作建筑材料。充分的表明了微生物处理废水无二次污染，对环境影响小。
（3）关于处理效果，微生物处理废水，将废水中的有机物降解转化成二氧化碳、氮气、水和污泥本身以去除有机物；微生物处理废水，将废水中的病原体吸附和吞噬等方式以去除病原体；微生物处理废水，将废水中的有害物质氧化转化成无毒位置或吸附到污泥上的方式以去除有害物质；微生物处理废水，通过吸附、降解和沉降提高水质的透明度和降低色度。筛选出合适的微生物菌种可将废水中大多数污染物都降解。