微生物营养剂是指微生物生长需求所需要摄入的营养物质。主要有能源和碳源。以此可以分为光能自养型 、光能异养型、化能自养型和化能异养型四种。
光能无机营养型：光能自养型可在完全无机的环境中生长，以CO2为碳源，光做能源，无机物为供H体还 原CO2合成细胞有机物质的微生物叫光能自养微生物。光能自养型微生物包括蓝细菌（含叶绿素）、紫硫细 菌和绿硫细菌等少数微生物，由于含有光合色素，因而能使光能转变成化学能，供机体直接利用。
光能有机营养型：光能异养型这类微生物不能以二氧化碳为主要碳源或唯一碳源，而能利用光作能源， 以有机化合物为供H体，还原CO2，合成细胞物质的微生物，称光能异养微生物。如红螺细菌可以异丙醇为 供氢体，还原二氧化碳。
化能无机营养型：化能自养型以CO2或碳酸盐为唯一或主要碳源，以无机化合物氧化时释放的能量为能 源，合成细胞物质的微生物叫化能自养微生物。这类细菌包括硫化细菌、硝化细菌、氢细菌、铁细菌等， 硫细菌和硝化细菌与生产密切相关，它们在自然界物质转换过程中起着重要的作用。
化能有机营养型：化能异养型这类微生物以有机化合物为碳源，利用有机化合物氧化过程中产生的能量为 能源，合成细胞物质，这类微生物称为化能异养微生物。绝大多数细菌、真菌和原生动物属于这种类型。