1.检测问题
化验数据有误。比如废水显黄引起氨氮国标检测法（纳氏试剂法）的显示读数偏差，检测时数据记录错误、样品混乱、操作方法或步骤等出现失误时，匀可能存在检测出来出水氨氮高于进水氨氮的现象。
对于这个问题，如果采用的是快速检测包或在线设备可用标准溶液进行校验。如果是原水色度显示读数偏差建议可以对原水样进行合适倍数的稀释或者对色素性水样，可以适当滤掉其色度来检测氨氮。
2.氨化大于硝化
一般情况下废水中的总氮以氨氮为主，而在某些特定废水（如氨基酸废水）中总氮的主要成分为有机氮，有机氮在氨化菌的作用下转化为氨氮，导致系统内氨氮升高。
如果氨化反应速率高于硝化反应速率，那么产生的氨氮就会高于被硝化的氨氮，所以氨氮总量也增加了。
这主要是由于进水中总氮(特别是有机氮)含量较高，再者反硝化反应时间不够造成的。
还有，一些污水厂进水中掺杂了工艺很难处理或处理不了的工业废水，严重可导致硝化系统崩溃，氨氮无法转化成硝态氮。
3.高级氧化
对于可生化性较差的废水，采用如芬顿氧化法、臭氧法、电化学处理法等高级氧化法进行处理，在高级氧化的破链破环下，氮元素可以脱离出来形成氨氮，导致出水氨氮比进水高。
4.引入外来氮源
在废水除碳过程中，为碳氮比需求，会加入一些外来氮源，如出现投加过量，C/N比计算错误，碳氮磷比值选用错误等，导致微生物消耗不完全，出水氨氮反而升高。
5.污泥解体
污泥老化、中毒、膨胀等导致污泥解体后生物脱氮的降解能力大打折扣，污泥浓度和生物活性的削弱下，氨氮去除率大大降低，使之不如原来的水平。导致出水氨氮高于进水氨氮。
6.物化吸附过于饱和
使用沸石等吸附脱氮处理过于饱和重新释放出氨氮，导致某时期的出水氨氮高于进水氨氮。
7.还原反应
在AO工艺中，A池中缺少反硝化细菌所需的氮源，导致反硝化细菌还原一些硝态氮形成氨氮。
8.所使用的化学药剂带入氨氮
在废水处理中引入不明来源的絮凝剂、氧化还原剂、营养剂都有可能会带来氨氮，导致出水氨氮高于进水氨氮。