选择外加碳源时，不仅要考虑其经济成本和效益，也需要考虑碳源本身的安全性，以及生物池内的实际有效停留时间等因素，总之，不是越便宜越好。
那么，该如何选择碳源呢？选择碳源时可以参考以下几点原则：
1.外加碳源易被微生物降解，不会对后续出水达标造成不利影响。
2.反应速度足够快，确保所投加的碳源尽量在厌、缺氧功能区内耗尽，避免增加后续曝气系统的负担和运行成本。
3.不会对系统内的微生物种群丰富度和数量造成不利影响，避免投加碳源前后出现微生物的短暂适应性问题，或者培养起来只吃不干活的丝状菌。
4.价格便宜，安全性好，且易于投加、保存、运输和使用。