微生物常用的碳源物质分为有机碳源和无机碳源两种。有机碳源包括各种糖类、蛋白质、脂肪、有机酸等。
微生物生长繁殖或积累代谢产物的营养基质。任何培养基中均需含有微生物所必需的能源、碳源、氮源、矿质元素、水和生长因素，但不同营养类型、不同种类的微生物对营养元素的要求又有很大差异。
氮源：
自养微生物以含氮无机物铵盐、硝酸盐等为氮素营养，例如氧化硫杆菌以（NH4）2SO4为氮源；异养微生物以无机物铵盐、硝酸盐或含氮有机物为氮源。自生固氮菌利用空气中的N2为氮素营养，其培养基中无须加入氮源，称为无氮培养基。
碳源
微生物生长的必须元素，主要消耗于释磷和反 。碳源含量低，可造成出水脱氮除磷，效果较差；RS-627新型碳源1号是一种新型生物脱硝补碳产品，此产品能够到经济性、实用性和性的协调统一。