硝化菌的培养相对于异养菌来讲比较难，硝化菌的培养过程同时也是污泥的驯化过程。硝化细菌的培养应遵循循序渐进、有的放矢、精心控制的原则，出水稳定后并逐步增加原水的进水量。每次增加的进水量为设计进水量的5%~10%，每增加一次应稳定2-3个周期或2天左右，发现系统内或出水指标上升应继续维持本次进水量，直至出水指标稳定，如出水指标一直上升，应暂停进水，待指标恢复正常后，进水量应稍微减少，或略大于上周期进水量。以此类推，最终达到系统设计符合。根据影响硝化菌生长的因素来确定硝化菌培养时应控制的指标：
01温度在生物硝化系统中，硝化细菌对温度的变化非常敏感，在5～35的范围内，硝化菌能进行正常的生理代谢活动。当废水温度低于15时，硝化速率会明显下降，当温度低于10时已启动的硝化系统可以勉强维持，硝化速率只有30时的硝化速率的25%。尽管温度的升高，生物活性增大，硝化速率也升高，但温度过高将使硝化菌大量死亡，实际运行中要求硝化反应温度低于38。 例如高氨废水工程的调试应尽量选择气温15度以上的季节，如果必须在冬季启动，应尽量选用高氨污水厂的菌种，或有保温、加温措施的系统。
02.pH值硝化菌对pH值变化非常敏感，最佳pH值是8.0～8.4，在这一最佳pH值条件下，硝化菌最大的硝化速度可达最大值。在硝化菌培养时，如果进水pH值较高，能够达到8.0左右最好，如果达不到也不应刻意追求，只要系统内pH值不低于6.5即可，如低于此值，应及时补充碱度，如NaOH、Na2CO3等。
03.生物固体平均停留时间（污泥龄）为了使硝化菌群能够在连续流反应器系统存活，微生物在反应器内的停留时间（θc）N必须大于自养型硝化菌最小的世代时间（θc）minN，否则硝化菌的流失率将大于净增率，将使硝化菌从系统中流失殆尽。一般对（θc）N的取值，至少应为硝化菌最小世代时间的2倍以上，即安全系数应大于2。
04.重金属及有毒物质有毒物质除了重金属外，对硝化反应产生抑制作用的物质还有：高浓度氨氮、高浓度硝酸盐有机物及络合阳离子等。
05.COD/BOD 如果系统内COD/BOD较高，系统内的异养菌就会与硝化菌争夺溶解氧，由于异养菌的数量远远大于硝化菌，硝化菌常常在系统内COD/BOD较高的情况下得不到一定的溶解氧，而无法生长增殖。一般系统内BOD（笔者个人倾向于COD）高于20mg/L，就会对硝化菌产生抑制。 如果进水COD/BOD 过高或碳氮比较高，硝化菌的培养就必须通过延时曝气来实现，即系统内COD/BOD 已经合格或处于较低水平时，继续曝气，给予硝化菌足够的生长时间，曝气时，同样要控制好溶解氧，尽量低于3mg/L，防止污泥加速老化。
06.溶解氧氧是硝化反应过程中的电子受体，反应器内溶解氧高低，必会影响硝化反应得进程。在活性污泥法系统中，大多数学者认为溶解氧应该控制在1.5～2.0mg/L内，低于0.5mg/L时硝化反应趋于停止。当前，有许多学者认为在低DO（1.5mg/L）下可出现SND（同步硝化反硝化）现象。在DO＞2.0mg/L，溶解氧浓度对硝化过程影响可不予考虑。但DO浓度不宜太高，因为溶解氧过高能够导致有机物分解过快，从而使微生物缺乏营养，活性污泥易于老化，结构松散。此外溶解氧过高，能量消耗过大，在经济方面也不合适。
07.氨氮浓度 在系统氨氮浓度200mg/L时硝化菌就会被抑制，因此建议系统内氨氮浓度不高于150mg/L，在高氨污水处理中，由于进水氨氮浓度高，如果不注意，几个周期下来氨氮浓度就会升高到一定程度，常常在A池高于200mg/L，因此在硝化菌培养过程中以及正常运行时，应始终维持系统出水氨氮浓度在工艺要求指标以内，保证从调试开始，系统即出合格水。
结合以上几种因素，在培养硝化菌时，应尽量创造其生长的有利条件，制定出最佳方案。