微生物在污水中能繁殖生长，并通过氧化还原发酵等途径分解氧化有机物，把有害有毒物质转化成无害无毒有机物，从而在污水治理中发挥作用。
微生物在污水处理中的优势：
利用微生物治理污水是环保产业的主攻方向，其应用前景广阔，具体作用表现在以下几个方面：
1、节约水资源，降低能耗和成本
2、利用有益菌群原液比一般净化槽处理污水，大大缩短曝气时间，提高功效
3、治污效果显著，如有机氮、金属离子、COD、BOD等均下降至国标以下标准，而DO上升，水质得到改善
4、处理污水中的重金属等，消毒害
5、抑制病原菌，消除异味，改善空气质量
6、可清除粪便恶臭，净化生态环境，减少畜禽的臭味，明显的抑制了蚊蝇滋生。
城市的污水处理以及有机性产业废水的处理，通常都采用活性污泥法。活性污泥就是细菌、霉菌类、藻类、原生动物、轮虫类、线虫类等各种微生物的集合体。污染物在被活性污泥吸附后就成为这些微生物的营养源，被吸收除去。
排水净化要涉及到很多种微生物，但并非需要同时具备这些微生物。根据排水的净化程度以及与其相关联的微生物关系可发现它是有一定模式的。