碳源一般用于污水处理中，其目的是通过生化法去除污水中的氮磷等污染物，主要作用是作为微生物营养源对微生物生长代谢提供细胞活动所需的能量。
水处理中常说的C:N:P=100:5:1，通常情况下认为，C就是COD，污水处理碳源供应商，N就是水中氨氮，P就是总磷，100:5:1就是指的浓度比，根据水质分析结果，看C:N:P是不是大致按照100:5:1比例，如果不是就根据这个比例为基准，可算出需要N和P，一般投加尿素和磷酸。算的时候一定也要考虑尿素和磷酸中N、P的实际含量。
厌氧或缺氧条件，当污水中的可降解有机物不足时，则需要额外投加营养物。CH3COOH+8NO3-→6H2O+10CO2+4N2+8OH-+能从式子中可以看出，所谓碳源并不是给反硝化提供碳，而是作为还原剂提供电子。
若以乙酸钠（CH3COONa)作为碳源，是小分子有机酸的原因， 反硝化菌易于利用，脱氮效果是较好的。一般冬天时投加碳源，都是建议可以选择乙酸钠作为碳源投加，易溶于水，易被微生物所利用，所产生的污泥量相比于其他碳源时略高。