投加碳源目的是为了脱氮，因此在选择碳源的时候，要兼顾污水处理厂的运行稳定，如尽可能的避免污泥膨胀、出水COD升高、亚硝基氮累积等。
水体不稳定，水中缺碳是关键原因。缺乏碳源，有益微生物缺少能量，分解水体中的有机质效率差，此时水体就会变得越来越脏。对于碳源认识不足，很多人一味地追肥或用活菌，往往起到相反作用，使氨氮升高、有机污染物加大，水色变浓，引起缺氧。
随着污水脱氮要求的提高，新兴起专业生产碳源的企业，他们通过生物工程原理，对一些糖类、农产品废料等进行发酵，生产无毒无害的生物制品，主要组分是小分子有机酸、醇类、糖类。
城市污水普遍存在反硝化碳源不足的问题，碳源不足已成为制约生物脱氮效率的重要因素，污水处理厂选择外加碳源时，不仅要考虑其经济成本和效益，同时需要兼顾碳源本身的安全性，以及生物池内的实际有效停留时间等因素。