(1)pH值
硝化菌对pH值的变化非常敏感，最佳pH值为8.0 ~ 8.4。在此最佳pH条件下，硝化细菌的最大比例可能达到最大增殖速度。如果PH值小于6或大于9.6，硝化将停止。反硝化菌,污水处理菌种,总氮超标 反硝化菌的最佳pH值为6.5 ~ 7.5，在此pH条件下，反硝化速度最高，pH值高于8或低于6，反硝化速度下降得非常快。
(2)溶解氧(DO)
氧在硝化过程中是电子受体，在反应器中溶解氧的高低一定会影响硝化过程。在硝化的曝气池内，测试结果表明DO含量必须小于1mg/L，通常为1 ~ 2 mg/l。 反硝化菌只有在没有分子性氧气，同时有NO3-和NO2-的情况下，才能利用这些离子的氧气呼吸，还原硝酸盐。有溶解氧时，反硝化菌首先利用溶解氧。这妨碍了反硝化的进行。但是，当水中有少量溶解氧时，污泥絮体内部仍然处于厌氧状态，因此反硝化反应并不要求DO严格为零。反硝化菌最好生活在厌氧、好氧替代的所谓“同时氧”环境下，DO应控制在0.5mg/L以下。
(3)碳源
硝化细菌是滋养型细菌，有机物浓度不是生长限制因素，所以含碳有机物的浓度不能太高，一般BOD值必须低于20mg/L。如果BOD的浓度太高，从属营养细菌会迅速繁殖，自养分型硝酸杆菌无法占优势，不能成为优势，硝化更困难。污水处理菌种,总氮超标 反硝化过程中BOD/N是控制反硝化效果的重要因素。可用于反硝化细菌的碳源分为污水中包含的碳源和附加碳源。这可以直接用于反硝化过程。一般认为，污水中有BOD5/TN > 3 ~ 5表示碳源充足，不需要碳源。低于此值，需要补充所需的外来碳源，通常需要补充生化性好的物质碳源。
(4)温度
适合硝化的温度为20 ~ 30 ，15 以下，硝化速度下降，5 完全停止。 反硝化反应可发生在15 ~ 35 的温度范围内，温度低于10或超过30 ，反硝化速度明显降低。温度在3 以下时，脱硝作用停止。
(5)生物固体的平均停留时间
生物脱氮工艺的生物固体平均停留时间(SRT)主要由亚硝酸盐一代控制。一般生物脱氮工艺的污泥龄为2 ~ 4d，有时可达10 ~ 15d或30d。污泥年龄长，生物硝化能力提高，有毒物质抑制减少，但污泥年龄长，污泥活性降低，影响处理效果。SRT值与温度密切相关，如果温度低，则需要显着提高SRT值。
(6)有毒物质
不仅是重金属，对硝化有抑制作用的物质也是高浓度NH4 -N，高浓度NO2-n和NO3-n，有机物，复合量。