含有碳元素且能被微生物生长繁殖所利用的一类营养物质统称为碳源。
常用的碳源有糖类、油脂、有机酸及有机酸酯和小分子醇。
根据微生物所能产生的酶系不同，不同的微生物可利用不同的碳源。
碳源对微生物生长代谢的作用主要为提供细胞的碳架，提供细胞生命活动所需的能量，提供合成产物的碳架。
碳源在制作微生物培养基或细胞培养基时有重要的作用，为微生物或细胞的正常生长，分裂提供物质基础。

目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源、污泥水解上清液、啤酒废水及垃圾渗滤液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。

在理论上，各类碳源都能保证出水总氮达到排放标准，但要考虑多个因素：

1.碳源投加的成本投加成本是碳源的当量COD价格+投加量的综合算法，需要理论计算加实际运行的投加量确定；

2.碳源产泥率投加碳源，必定会增加污泥的产量，而污泥处理成本很高，这个是选择碳源必须考虑到的重要一项。

3.保证污水运行的稳定性投加碳源目的是为了脱氮，因此在选择碳源的时候，要兼顾污水处理厂的运行稳定，如尽可能的避免污泥膨胀、出水COD升高、亚硝基氮累积等。